荒廃した地球で、レオ・コンラッドは相棒ゾイドのライガーや仲間のバズ・カニンガムと共に運び屋をしていた。レオたちは廃都市で帝国軍に追われるサリー・ランドという少女に出会う。サリーを守ろうとレオは帝国軍のゾイド、キャノンブルに立ち向かうが、返り討ちに。絶体絶命のその時、眩しい光が彼らを包み……！？